Похоже, что SIM Toolkit на карточке взаимодействует с SCP в деле репликации SMS-ов с основного номера на дополнительный.

SIM втыкается в новый телефон, SIM Toolkit начинает синхронизировать SMS-ы, в этом деле, скорее всего, как-то задействован IMEI телефона, а на сервис-платформе для этого IMEI список реплицированных SMS-ов - пуст. Вот и передается все заново. По-моему, так.